Sistematica e filogenesi molecolare fungina:
approfondimento pratico e tecniche di ricostruzione filogenetica

Il gruppo di lavoro Erbario dell’AGMT organizza la seconda edizione del corso dedicato alla sistematica e filogenesi molecolare dei funghi.
Il corso si propone di colmare quel vuoto di conoscenza che si è creato tra chi, a vario titolo, studia i funghi e le moderne necessità di un approccio multidisciplinare
alla sistematica ed alla tassonomica, soprattutto per quanto riguarda le ricostruzioni filogenetiche.
Durante il corso i partecipanti verranno introdotti alle tecniche di elaborazione e interpretazione degli alberi filogenetici attraverso l’utilizzo di specifici software gratuiti con esercitazioni pratiche.
Il corso, in modalità on-line nel rispetto delle indicazioni delle vigenti leggi e normative di prevenzione sanitaria, si articola in sei lezioni della durata di circa 2 ore ciascuna con cadenza settimanale.

PROGRAMMA DI MASSIMA

Lezione 1 (docente: Alessio Pierotti), lunedì 23 novembre, ore 17.00-19.00 - Introduzione al corso con alcune basi sul concetto di specie e sulla filogenesi, a cura dell'AGMT (Alessio Pierotti). A fine lezione verifica dell’installazione dei software e della loro funzionalità.
Lezione 2 (docente: Enrico Ercole), giovedì 26 novembre, ore 17.30-19.30 - Principi della filogenesi molecolare e generalità sulle tecniche di estrazione e sequenziamento, ovvero le basi necessarie per poter affrontare gli argomenti successivi e acquisire la conoscenza necessaria per poter affrontare da soli un sequenziamento e una analisi filogenetica di una determinata collezione fungina.
Lezione 3 (docente: Enrico Ercole), lunedì 30 novembre, ore 17.00-19.00 - Dalla sequenza (propria) alla costruzione del “dataset” di analisi. Ingroup, outgroup, GenBank, Blast..., come si scelgono, si cercano e si scaricano le sequenze dalle banche dati internazionali. Allineamento ed editing con Mega. Al termine della lezione sarà consegnato un compito, quindi i partecipanti dovranno scaricare delle sequenze, costruire un “dataset” (ingroup & outgroup) allineare ed editare. Questa esercitazione sarà svolta a casa dai partecipanti e consegnata via mail prima della lezione successiva.
Lezione 4 (docente: Enrico Ercole), lunedì 7 dicembre, ore 17.00-19.00 - Verifica dell’esercitazione a casa e ascolto delle criticità incontrate. Introduzione e analisi di Maximum Likelihood con il software RAxML. Al termine della lezione sarà consegnato un compito, quindi i partecipanti dovranno effettuare una analisi filogenetica con RAxML e fare una prima interpretazione dell'albero. Questa esercitazione sarà avviata durante il corso e conclusa a casa dai partecipanti, con consegna dei risultati via mail prima della lezione successiva.

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Lezione 5 (docente: Enrico Ercole), lunedì 14 dicembre, ore 17.00-19.00 - Verifica dell’esercitazione a casa e ascolto delle criticità incontrate. Introduzione e analisi di Inferenza Bayesiana con il software MrBayes. Al termine della lezione sarà consegnato un compito, quindi i partecipanti dovranno effettuare una analisi filogenetica con MrBayes e fare una prima interpretazione dell'albero ottenuto. Inoltre si dovrà compare il risultato ottenuto con l’albero filogenetico di Maximum Likelihood (lezione precedente). Questa esercitazione sarà avviata durante il corso e conclusa a casa dai partecipanti, con consegna dei risultati via mail prima della lezione successiva.
Lezione 6 (docente: Enrico Ercole), lunedì 21 dicembre, ore 17.00-19.00 - Verifica dell’esercitazione a casa e ascolto delle criticità incontrate. Visualizzazione ed elaborazione grafica degli alberi filogenetici con i principali “softwares opensource”. Tavola rotonda e momento di discussione finale, con domande e chiarimenti finali.
Le lezioni saranno registrate e distribuite agli iscritti. Eventuali variazioni saranno comunicate tempestivamente agli iscritti tramite mail.

MODALITÀ DI ISCRIZIONE

L’iscrizione al corso deve avvenire obbligatoriamente tramite l’apposito Form sul sito entro e non oltre tre giorni dall’inizio del corso. Il costo per partecipante è di euro 100 (cento) per soci dei gruppi aderenti all’AGMT e di euro 130 (centotrenta) per gli esterni. Il pagamento deve essere effettuato tramite bonifico bancario intestato a Associazione Gruppi Micologici Toscani – Banca: Credit Agricole Cariparma, filiale Santa Croce sull’Arno (PI) – IBAN IT84S0623071160000057159107 con causale “Corso molecolare 2020”. Al momento dell’iscrizione sarà inviato il link per partecipare alle lezioni con le relative istruzioni e il link al drive con i software necessari al corso ed i vari materiali necessari per le lezioni. Ogni partecipante dovrà essere dotato di PC con telecamera e microfono in modo da permettere l’interattività.
L’attestazione di frequenza sarà rilasciata a chi supererà l’80% di presenza.

MODALITÀ DI DISDETTA

In caso di impossibilità a partecipare al corso dopo l’avvenuta iscrizione è obbligatoria la comunicazione via mail al tutor del corso entro cinque giorni dallo svolgimento della prima lezione. Entro questi termini è garantito il rimborso dell’intera quota. Superati i cinque giorni sarà rimborsata soltanto la metà della quota.

CONTATTI

Dott. ssa Alessandra Matteini, curatrice erbario AGMT (tutor del corso):
erbario@agmtmicologia.org

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Contatti : Si prega gentilmente di contattare le sotto elencate email in base alla materia di appartenenza.

Presidente : Luca POLIDORI - email: presidente@agmtmicologia.org - PEC agmt@pec.agmtmicologia.org
Segreterio : Massimo PINORI - email: info@agmtmicologia.org
Tesoriere : Valter Bianchi - email: tesoreria@agmtmicologia.org
Segreteria scientifica : - email: segreteria.scientifica@agmtmicologia.org
Segreteria corsi : - email: segreteria.corsi@agmtmicologia.org
Erbario : - email: erbario@agmtmicologia.org
Redazione rivista Micologia Toscana : - email: redazione_mt@agmtmicologia.org
Biblioteca : - email: biblioteca@agmtmicologia.org
A.G.M.T. Casella Postale 76, 56029 Santa Croce Sull'Arno (PI)

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